为满足化学专业实验课程教学，1982年开始，学校建设有无机化学、分析化学等基础化学实验室。随着学校实验教学改革发展，为了优化资源配置、提高资源效益，在学校党委的领导下，打破传统、分散的管理模式，按照“统一规划、优化重组、资源共享、提高效率”的原则，于2005年6月组建成立了基础化学实验教学示范中心(以下简称“中心”)，是学校最早批准成立的实验教学示范中心。经过五年的运行发展，2010年12月获批自治区级基础化学实验教学示范中心。中心立项建设以来，为满足应用型人才培养要求，学校加大对该中心的人力、物力和财力的投入；2019年，化学院环境科学学院搬迁至新泉校区后，学校又陆续投资1500余万元用于新泉校区中心基础设施建设（实验室台柜、通风设备等）。同时，不断改革实验室管理模式、优化实验室设置，中心取得了快速发展，现已形成集化学、涉化学相关专业实验室为一体服务全校实验教学平台，主要面向化学、应用化学、环境科学、环境工程、生物科学、食品科学等10个专业本科学生，并满足硕士研究生的实验教学和科研创新训练，服务于校内外的公众科普教育和基层治理。

中心已成为我院基础化学实验教学示范中心和学生创新能力培养的基地，以中心资源为依托，2011年获得分析化学自治区教学团队、2014年10月成功获批新疆特色药食用植物资源化学自治区重点实验室、2016年获得化学“十三五”自治区重点学科、2018年获批化学一级学科硕士点，2019年开始研究生培养，目前已实现三个年级59人的研究生培养。以高质量的科研成果支撑学科发展并服务社会，在化学实验教学改革与研究方面形成自己鲜明的特色。

现有实验室和公共服务平台26个，占地面积达5030 m2，现有仪器设备1090台（套），价值1486万元。拥有无机化学实验室、有机化学实验室、分析化学实验室、物理化学实验室、化工基础实验室、仪器分析实验室、实训室和大型精密仪器设备实验室共24个。其中10万元以上的仪器设备20台(套)，仪器设备完好率95%，利用率95%以上。仪器设备配置齐全，管理规范，资源共享率高。2003年无机化学实验室、分析化学实验室被新疆维吾尔自治区教育厅评估验收为合格实验室。

2021年度，学校给予了化学基础实验示范中心的大力支持。为了加强实验室安全管理，筹资2298000元建设户外危化品及危废品安全存储柜，筹资1064120元支持补充中心基础化学实验所需要的各类仪器设备。另外，在实验室制度建设和升级改造中学校给了大力支持，完善了气瓶间改造，并安装防护栏、换智能锁，安装门禁系统、制作制度牌等，又投资194390元。为了规范学院研究生管理给研究生开展科研和撰写论文提供方便、安静、安全环境，出资45600元建设了研究生工作室。

在学校的大力支持下，以中心和化学重点学科建设为依托，喀什大学与喀什海关技术中心、喀什昆仑维吾尔药业股份有限公司分别签署合作协议。与喀什昆仑维吾尔药业股份有限公司决定成立南疆天然产物综合利用与开发协同创新中心，在科学研究、教育教学、人员培训等校企产学研方面全面合作，为学院的人才培养、成果转化搭建平台。